В 1629 році Гнівань вперше згадується в письменних джерелах. В 1776 році побудовано костел св. Матеуша у Ворошилівці. До цієї парафії належали села: Грижинці, Гнівань, Ільківка, Могилівка, Сутиски, Витава та інші. В 1899 році католики Ворошилівської парафії звертаються до єпископа Луцько-Житомирської дієцезії з проханням про побудову нового костелу, на лівому березі ріки Буг, але не у Ворошилівці. І в 1903 році починається будівництво костелу у Гнівані. І вже в 1906 році відбулося освячення нового костелу під покровом св. Йосифа у Гнівані.
Комуністична влада в 1930 році знімає з костелу дзвони і передає їх на потреби електротехнічної промисловості. Потім скидають хрест з вежі костелу. А вже в 1935 році костел був повністю закритий, а приміщення храму переплановане і там був розміщений гуртожиток пожежних курсантів. На переломі 1940-50 років приміщення стояло пусткою, дах наполовину відсутній. В 1958 році розпочинаються роботи по спорудженні ремонтно-підшипникового заводу в приміщенні костелу. В результаті чого костел втратив архітектурний вигляд, храм був розчленовано по висоті на чотири поверхи.
На початку дев’яностих років, а саме у 1988 році було зареєстровано Гніванську римсько-католицьку громаду. Розпочалась активна діяльність парафіян за повернення будівлі костелу. І вже в 1990 році керівництво підприємства звільняють четвертий поверх і віруючі можуть там в неділю і свята брати участь в Службі Божій. А 22 лютого 1992 року парафіяльна громада отримує державне рішення передання храму віруючим у Гнівані, а вже в червні розпочато реставрацію костелу Місіонерами Облатами Марії Непорочної
12 серпня 1994 року був встановлений хрест на вежі костелу, а 24 грудня 1995 року вперше пролунали нові дзвони в костелі. Після закінчення реставрації костелу 14 вересня 1997 року відбулась реконсекрація храму єпископом Яном Ольшанським.
16 березня 2019 року декретом Єпископа ординарія Кам’янець-Подільської дієцезії Леона Дубравського, костьол урочисто проголошено Санктуарієм Святого Йосифа.